Czas powstania można podzielić na dwa okresy. Pierwszy to ten, w którym rządził rozproszony Tymczasowy Rząd Narodowy i zawiadujący równie rozproszonymi oddziałami skoncentrowanymi w rozproszonych 40 ośrodkach, naczelnik Warszawy Stefan Bobrowski, a po nim Marian Langiewicz. Obaj pokonani, ale w ten pierwszy okres wpisywał się również etap rządzenia powstaniem przez białych, których Rząd Narodowy liczył wyraźnie na pomoc z zewnątrz, bowiem powstanie wywołało na Zachodzie falę sympatii. Rachuby te zawiodły, nie odnajdując pokrycia ani w pomocy realnej z zewnątrz, ani we własnych sukcesach militarnych na terenie kraju. Miał nastąpić rychło drugi okres. Czas dyktatury Romualda Traugutta.
Romuald Traugutt
W obszarze teorii Traugutt był bliższy ugrupowaniu białych, natomiast w praktyce sytuował się zdecydowanie po stronie czerwonych, mimo że początkowo nie wyrażał woli brania udziału w powstaniu. Idąc tropem politycznym białych, Traugutt z początku szukał realnego poparcia dla powstania w Polsce we Francji, a gdy wysiłki te spełzły na niczym skierował swoją aktywność do wewnątrz, godząc się w końcu 17 października 1863 roku na funkcje dyktatora powstania.
W stolicy Królestwa stawił się przed Wydziałem Wojny Rządu Narodowego, do którego dyspozycji oddał się i 15 sierpnia otrzymał awans na generała. Następnie został wysłany do Paryża, gdzie miał szukać możliwości pozyskania pomocy dla powstańców ze strony Francji. Misja nie przyniosła jednak sukcesu. Po powrocie udało mu się uzyskać poparcie stronnictwa białych, którzy wysunęli jego kandydaturę na dyktatora powstania. Po upadku Rządu Narodowego czerwonych 17 października 1863 Romuald Traugutt został dowódcą powstania.
Tajny charakter przywództwa Traugutta wyrażał się w tym choćby, że rezydował w zakonspirowanym mieszkaniu przy ul. Smolnej 3, przybierając pseudonim Michał Czarnecki. Podstawowym wysiłkiem Traugutta była reorganizacja sił powstańczych i przekształcenie słabo uzbrojonych i luźno zorganizowanych oddziałów partyzanckich w regularną armię. Świadom sytuacji społecznej i potrzeby poparcia dla powstania wśród mas chłopskich, 27 grudnia 1863 Traugutt wydał dekret powołujący delegatów terenowych w celu uwłaszczenia chłopów. Mimo wspomnianych wyżej daremnych wysiłków dla powstania we Francji, dyktator powstania nie rezygnował z wysiłków międzynarodowych, nawiązując kontakty z rewolucjonistami europejskimi takimi jak na przykład Giuseppe Garibaldi. Ponadto zabiegał o poparcie powstania u papieża Piusa IX z prośbą o apostolskie błogosławieństwo.
Z 10 na 11 kwietnia 1864 doszło do aresztowania Traugutta przez policje rosyjską. Oznaczało to właściwie koniec powstania styczniowego. Pojedyncze grupy partyzantów działały jeszcze do września 1864, jednak nie posiadając wsparcia stopniowo ulegały rosyjskiemu wojsku. Najdłużej, bo aż do maja 1865 roku, przetrwał na Podlasiu odział księdza Stanisława Brzóski.
Skutki powstania
Powstanie styczniowe zalicza się dziś do największych polskich powstań narodowych przeciwko Rosji. Wybuchło 22 stycznia 1863 w Królestwie Polskim oraz 1 lutego 1863 w byłym Wielkim Księstwie Litewskim. Wprawdzie różniło się od powstania listopadowego przeszło 30 lat wcześniej, lecz idee były te same – wolność i niepodległość Rzeczypospolitej.
Fakty karzą wnioskować, że działania Romualda Traugutta nie mogły uratować powstania styczniowego. Sytuacja przedstawiała się beznadziejnie, zwłaszcza że kluczowe dla losów powstania poparcie wsi spotkało się ze znamienną rekontrą władzy carskiej: Tymczasowy Rząd Narodowy, zgodnie z wcześniejszymi zapowiedziami czerwonych, 22 stycznia 1863 roku wydał dekrety, w których znosił przywileje stanowe i wprowadzał, w trybie natychmiastowym, uwłaszczenie – właścicielom obiecano odszkodowanie, które mieli płacić nie chłopi, ale przyszłe odrodzone państwo polskie; zapowiadano również nadanie trzech mórg ziemi bezrolnym, którzy wezmą udział w styczniowym. Tymczasem chłopi nie wierzyli w prawną moc wiążącą decyzji władz powstańczych, zwłaszcza że świadoma słabych punktów władzy powstańczej władza carska, wydała 2 marca 1864 roku ukaz regulujący kwestię włościańską w Królestwie Polskim . Właściciele ziemscy mieli otrzymać rekompensatę z budżetu państwa, a chłopi mieli jedynie uiszczać podatek gruntowy. Uwłaszczenie przeprowadzono na dużo korzystniejszych zasadach niż w Rosji. Władze carskie nie mogły zaoferować gorszych warunków niż Rząd Narodowy. Chłopi uzyskali więc to na czym im najbardziej zależało – ziemię, i odwrócili się od powstania, a nawet zaczęli działać na jego szkodę. Władze rosyjskie bowiem uzależniały realizację ukazu uwłaszczeniowego od zakończenia walk i likwidacji oddziałów partyzanckich.
Następstwa powstania styczniowego były poniekąd powtórzeniem tych po powstaniu listopadowym: przede wszystkim likwidacja odrębności i autonomii Królestwa Polskiego. Do końca lat sześćdziesiątych i połowy siedemdziesiątych XIX wieku wprowadzono bezwzględną rusyfikację. Zmieniono nazwę kraju na Przywiślański Kraj i podzielono na 10 guberni. Zlikwidowany został odrębny budżet Królestwa (1866), zamknięto Szkołę Główną w Warszawie (1869), w miejsce, którego utworzono uniwersytet rosyjski. Zakazano działalności oświatowej i kulturalnej w języku polskim, do szkół i urzędów administracyjnych wprowadzono język rosyjski jako język oficjalny.